Tragickými událostmi na podzim r. 1938 a mnichovským diktátem byl porušen i vývoj československé elektroenergetiky. Energetika tzv. „druhé republiky“ byla úplně ochromena a stala se závislou na dodávce elektřiny i primárních zdrojů z okupovaného území. Okupované území činilo 41 098 km2 a žilo na něm 4 880 000 obyvatel.
Okupanti zabrali na okupovaném území 90 elektráren, mezi nimi zejména Ervěnice, Poříčí, Trmice, Zbůch, Vranov nad Dyjí, Střekov a mnoho dalších veřejných i závodních elektráren. Kromě toho došlo k přerušení důležitých vedení výběžky zabraného území. Zabraná zařízení byly české podniky nuceny prodat firmě „Reichelektrowerke“ a slovenské podniky maďarskému státu. Ceny odprodeje byly mimořádně nízké. Tak např. vynucená prodejní cena elektrárny Poříčí byla 69,305 mil. Kč, při čemž tyto hodnoty energetických zařízení se hradily většinou dodávkami proudu. To znamenalo, že dodávky proudu z okupovaných území a z Říše nebyly tedy přerušeny, ale zkomplikovaly se nesmírně provozní manipulace. Rozsah škod vzniklý československé energetice tím násilným zásahem byl obrovský. Bylo ztraceno 45 % celého tehdejšího energetického potenciálu s 38 % všech zaměstnanců. Hodnota ztracených základních fondů v energetice se odhadovala na více jak 1,5 mld. Kč. Vedle elektráren však bylo anexí pohraničního území ztraceno asi 75 % těžby uhlí, což působilo značné potíže i při udržení provozu elektráren na území „druhé republiky“.
Elektrárny v zabraném území: Trmice, Ervěnice, Most, Litvínov, Chomutov, K. Vary, Sokolov, Nové Sedlo, Vydra, Nýřany, Liberec, Jablonec, Andělská Hora, Teplice, Ústí nad Labem, Trutnov, Střekov, Lomazice, Černé Jezero, Svitavy, Opava, Jeseníky, Větřní, Č. Krumlov, Tanvald.
V protektorátě Čechy a Morava začalo výrazné pronikání německého kapitálu do všeužitečných elektrárenských podniků. Mocenským způsobem pomocí nacistických úřadů došlo ke slučování dosavadních všeužitečných podniků ve větší celky, do jejichž správních rad byli dosazeni exponenti německého kapitálu. V jižních Čechách byly sloučeny čtyři elektrárenské svazy s Jihočeskými elektrárnami v jeden podnik. Dále byly sloučeny původní Východočeské elektrárny v Hradci Králové, Východočeský elektrárenský svaz v Pardubicích, Elektrárenský svaz středolabských okresů v Kolíně a Družstevní závody v Dražicích v jeden podnik, nazvaný Východočeské elektrárny akc. spol. v Hradci Králové. Elektrický svaz okresů středočeských byl přejmenován na Středočeské elektrárny a do Ústředních elektráren v Praze byla převedena všechna vedení 110 kV i s rozvodnami a všechny velké elektrárny. Na území Čech tedy v době okupace byly čtyři elektrárenské podniky. Na Moravě, která byla z hlediska energetiky postižena anexí pohraničních území Německem a Polskem relativně nejvíce, vytvořila okupační správa dva elektrárenské podniky, jednak Západomoravské elektrárny akc. spol. v Brně a za druhé Středomoravské elektrárny akc. spol. v Přerově. Na Slovensku se vyvíjela situace obdobně. Byl vydán zákon slovenského státu č. 12 z 27. ledna 1942 o napomáhání elektrizaci. Ve smyslu tohoto zákona se sloučilo dosavadních pět podniků (Bratislava, Žilina, Bánská Bystrica, Komárno a Košice) do jednoho elektrárenského podniku nazvaného Slovenské elektrárne se sídlem v Bratislavě. Na území Československa tak bylo vytvořeno z původních 24 všeužitečných společností devět energetických podniků. Současně v protektorátě musela být, dle nařízení protektorátní vlády č. 319/1941, povolena rozhodující kapitálová účast v uvedených podnicích říšskému průmyslovému koncernu Elektrowerke. Mimo všeužitečných elektráren zůstaly nadále elektrárny městské a závodní.
Výroba elektřiny v Čechách a na Moravě i v tomto kritickém válečném období stoupala. Vezmeme-li za základ r. 1937, pak výroba elektřiny v r. 1944 činila 169,9 %. Zvýšení se dosahovalo převážně zvýšením využití zdrojů. Průměrné využití instalovaného výkonu stouplo z 2305 hod./r v r. 1939 na 2816 hod./r. v roce 1944. Výroba samostatných veřejných elektráren vzrůstala rychleji v tomto válečném období než výroba u závodních elektráren. Přírůstek instalovaného výkonu v době okupace činil 501 MW, z toho 161 MW ve veřejných samostatných elektrárnách a 340 MW v závodních elektrárnách. Průměrný roční přírůstek výroby elektrické energie v době druhé světové války byl v protektorátě asi 8,8 %, což je vyšší než v první republice za 20 let, kdy bylo dosaženo pouze 7,2 %. Tento zvýšený přírůstek výroby elektřiny byl důsledkem zapojení protektorátní energetiky do válečného průmyslu. Investiční výstavba energetiky v protektorátě byla záměrně omezena na minimum. Uvedené přírůstky výkonů byly z dokončovaných elektráren rozestavěných před okupací. Byly to elektrárny Štěchovice, Kolín, Vydra, Kníničky a Svatoňovice. Výstavba vedení vysokého napětí byla též nepatrná. Postavily se prakticky pouze dvě linky. Roku 1941 linka z Dolního Slezska Walbrzychu do Poříčí a do Všestar a r. 1942 propojení Kolín-Všestary. Současně však se projevily snahy okupantů a podřízení a využití naší energetiky pro celoněmecké zájmy. Byl připraven k realizaci projekt výstavby vedení 220 kV ze Slezských revírů přes Moravu do Rakouska s perspektivním propojením na alpské vodní síly. Tento projekt nebyl pochopitelně v důsledku porážky hitlerovského Německa realizován.
Rovněž se prakticky v protektorátě zastavil vývoj plošné elektrizace. Za celou dobu okupace se připojilo celkem 323 obcí, tj. ročně průměrně 56 obcí. V předválečném období 1925 – 1937 se připojovalo ročně průměrně 587 obcí. Byly to důsledky nejen záměrně omezovaného zásobování maloodběratelů elektrickou energií, ale i důsledek tzv. „odměďovací akce“. Němci v průběhu války začali prosazovat pravidelný odvod mědi z vedení. Protože mědi bylo stále málo, neboť vedení se neopravovala, nařídili kolem roku 1941 – 43 výměnu měděných vodičů v sítích nízkého napětí a jejich nahrazení železnými vodiči.
Z této tzv. „Kupferakce“ bylo dle odhadu shromážděno a odvezeno asi 3600 t mědi. Záleželo hodně na tom, jak byly příkazy Němců plněny a je třeba říci, že naši pracující s tímto nařízením příliš nepospíchali a všemožně provedení odkládali. Přesto však bylo odvezeno hodně mědi. Jen na jižní Moravě to byla měď z 300 obcí. Náhradní železné vodiče již během válečných let a zejména pak v prvních poválečných letech silně zrezivěly, takže musely být urychleně odstraněny a nahrazeny hliníkovými. Okupace zastavila slibný vývoj teplárenství. V době okupace přešly na teplárenský provoz jen elektrárna Pardubice a částečně elektrárny Kolín a Gottwaldov (Zlín). Výstavba teplárny Náchod byla zakázána. Okupanti se však zaměřili na výstavbu velké teplárny s elektrickým výkonem 200 MW v Záluží u Mostu jako součást nově budovaného závodu na syntetický benzín v lokalitě, která tehdy byla součástí říšského území získaného násilnou anexí od Československa.
Energetická základna na Slovensku neměla tak velký význam pro válečné hospodářství Říše, jako Čechy a Morava. Přírůstek výroby elektrické energie byl na Slovensku vyšší než v protektorátě. Z přírůstku výkonů se jednalo hlavně o elektrárny Ilava a Dubnica nad Váhom. Přírůstek vedení 100 kV činil v době slovenského státu asi 175 km. Pokud jde o plošnou elektrifikaci, bylo v té době připojeno 446 obcí, což je ve srovnání s předválečným obdobím relativně dost. Na druhé straně je třeba mít na zřeteli, že slovenská energetika byla mnohem více poškozena válečnými akcemi, které na Slovensku probíhaly v posledních létech tohoto období.
Období fašistické okupace a separatistických tendencí slovenských klerofašistických kruhů způsobilo v celém státě nesmírné škody, jejichž následky sahají až do poloviny padesátých let. Kromě toho zavřením vysokých škol a izolací technických kádrů od vývoje světové energetiky a v neposlední řadě též fyzickou likvidací řady středních odborných pracovníků byla výrazně postižena i československá energetika. Německá armáda zničila všechno, co mohlo být důležité pro vítězná sovětská vojska a pro naši zemi. Tak byla v Bratislavě zničena městská elektrárna, byla poškozena i elektrárna Třebovice, většina vedení 110 kV, mnoho rozvoden i rozvodná zařízení vysokého a nízkého napětí. V elektrárně Přerov vyhodili Němci náložemi regulaci u dvou soustrojí a poškodili turbínová čela. V malé vodní elektrárně Strž vyhodili do vzduchu část jezu. Podobná situace byla i na Slovensku a v některých oblastech Čech.
Jen rychlý zásah Sovětské armády způsobil, že nacisté nemohli uskutečnit svůj plán spálené země. I tak však škody, které válka energetice způsobila na území Slovenska a Moravy, nepočítáme-li české kraje, byly obrovské. Jen ve východomoravské oblasti byly odhadnuty na 500 mil. Kčs, v jihomoravské na 200 mil. Kčs. Každá oblast Čech, Moravy a Slovenska utrpěla na úseku energetiky ohromné a těžko vyčíslené ztráty.
Energetika včera a dnes, vydaly České energetické závody 1976